如何下载给定srr的sra文件

从NCBI下载测序数据也许是目前最详细的版本

点击 Run、Sample、Experiment、Study 可以进行相关内容的检索 ERP or SRP for Studies, SRS for samples, SRX for Experiments, and SRR for Runs 层次关系 The Run Browser Run accession No.:SRR— ? cd ncbi/ public /sra / fastq-dump--split-files SRR1553610 FASTQ格式的原始数据文件已经在当前文件夹了 shell下的模式匹配。* (星号)表示可以匹配任何东西 wc -l *.fastq 879348 SRR1553610_1.fastq 879348 SRR1553610_2.fastq 1758696 总用量查看文件 head SRR1553610_1.fastq cat *. fast q | grep @SRR | wc -l 如何 ·学术哲学的邀请（26）——百年多是几多时姚伟. ·人机之间融合很难，混合比较容易刘伟. ·彭罗斯的新物理狂想曲李泳. ·硕士生如何选导师马臻. ·清明时节雨纷纷，忆及双亲泪满襟曹俊兴. ·清明时节的收获张志刚. ·评《通向量子引力的三条途径》（普林）左芬直接使用get命令，接要下载的文件，就可以下载数据了。也可以使用mget命令，添加通配符，下载同一类型的文件。这里面我们要下载整个目录数据。

16.03.2022

一、软件的安装. 1.软件下载：. curl ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/entrezdirect/edirect.zip -O （熟悉curl下载文件的方法，见http://www.cnblogs.com/duhuo/p/5695256.html）. 2.解压. unzip edirect.zip. 3.添加、激活环境变量. echo 'export PATH=/home/lmt/desktop/edirect/:$PATH' >> ~/.zshrc （根据自己的配置文件选择，可能使~/.bashrc。. 查看shell ， echo $SHELL 就晓得啦）. source ~/.zshrc (激活环境变量) 可以用 ascp 快速的来下载sra文件，也可以用 wget 或 curl 等传统命令从FTP服务器上下载sra文件（但是wget和curl下载的sra文件有时候会不完整），另外NCBI的 sratoolkit 工具集中的 prefetch 、 fastq-dump 和 sam-dump 也支持直接下载。 -i 输入下载的SRR名单，一行一个-I 输入下载的sra文件的目录--split-3 处理双端序列-o 下载位置，默认为当前目录-h 帮助文档. 数据质控. 代码： mkdir fastqc cd bin nohup ./multiFastqc -i ../SRR_Acc_List.txt -I ../fastq -o ../fastqc/ & multiqc ../fastqc 从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情,但是今天碰到几个坑: 1.paper里没有提供SRA数据号.也没有提供路径: 2.不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下载所以通过在NCBI官网,直接在SRA搜索栏里: 输入paper的title关键词NIFTY BGI 搜索结果: 选一个文件点击进去进去之后,再点击SRP 然后: 出现如下内容: 然 … 下载它的tsv格式文件，用xftp上传到Linux自己操作的目录下面. 数据下载. 单个文件下载 sra格式文件和gz格式文件，这个操作是简单的，完成的很好。 # sra格式 ascp -k 1 -QT -l 300m -P33001 -i ~/miniconda3/envs/rna/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/SRR103/000/SRR1039510 ~/project/Human-16-Asthma-Trans/data/rawdata/sra … 3. 下载SRA数据. 选择相应的SRR资源，点击下载，会自动连接到aspera connect，选择下载路径即可。点击数：0 gatk的gvcf模式这里有3只小鼠需要进行基因型比较，所以gvcf模式比较合适，使用 gatk的 joint calling ，过滤参考：https:mp.weixin.qqdo (nohup ~biosoftsratoolkitsratoolkit.2. 8.2-1-centos_linux64binprefetch $id -x 100g & ); done下载得到的sra文件如下： 67g jun 29 18:58 srr

sra下载_程序地带

从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据，下载SRA数据的号），点击"Accession List"键，下载得到SRR List 储存在sra.txt文件使用SRA Tookit 的prefetch进行下载，prefetch放在sratoolkit文件夹下的bin目录。然后点击“Accession List”，会下载一个名为“SRR_Acc_List.txt”的文件，这个文件里面有所有run的编号。使用如下命令批量下载 (放入后台不中断下载： nohup cmd & )：

根据SRR号下载sra数据- 简书

2013-08-26 20:43 − SRA数据的的处理流程大概如下一、SRA数据下载、 NCBI 上存储的数据现在大都存储为SRA格式。下载以后就是以SRA为后缀名。这里可以通过三种方式下载SRA格式的数据。 1.通过http方式，2.通过ftp方式，3.通过Aspera Aspera可以在NCBI网站上下载。参阅按照接下来的剧本，应该讲count_matrix文件导入DESeq进行差异表达分析。但是从这篇文章的Bioinformatic analyses部分可以发现，作者的control组的2组数据是来自2个不同的批次（一个是SRR3589956，另外一个来源GSM1095127 in GSE44976），treat组倒是同一个批次（SRR3589957和SRR3589958）。 2018年12月26日

Step 2：下载SRA文件到Seqs文件夹

ascp -T -i /sra/sra-instant/reads/ ByRun/sra/SRR/SRR623/SRR6232298/SRR6232298.sra 2019年8月12日其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的。今天的教程就给大家推荐一把利剑-Aspera。注意本文基于Linux 平台。 Aspera的网站如下不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下载所以通过在NCBI官网,直接在SRA搜索所有SRR文件: 下载Accession list之后得到文件列表: SRR354208 SRR357358 下面就android中如何从给定的url下载json数据给予解析: 主要使用http请求方法,

5.利用prefetch_bash.sh批量下载所需的SRR文件 . 在终端输入：prefetch_bash.sh. 下载的SRR数据默认存放在：/home/lmt/ncbi/public/sra里其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的。 ENA数据库：European Nucleotide Archive：隶属EBI (European Bioinformatics Institute)，功能同SRA，并且对数据做了注释，界面更友好，当然对于我们来说，最诱人的当属可直接下载fastq (.gz)文件这一项了。 sra文件下载方式 SRA数据库下载：首先记住，数据的存放地址是ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov，SRA在Aspera的用户名是anonftp，下载举例：如果我想下载 SRR949627.sra 文件，首先我需要找到地址，去 ncbi ftp-private 或者 ncbi faspftp ，一层层寻找，直至找到，然后记下链接地址，就可以开始下载了：下载数据. 由于是EBI数据库，用wget下载速度太慢，Jimmy大神强烈建议用aspera工具下载，于是参考生信技能树教程代码，首先需要熟悉GEO和SRA数据库：解读GEO数据存放规律及下载，一文就够; 解读SRA数据库规律一文就够方法二：迅雷下载. 迅雷下载的方法我们之前介绍过，此方法可参考更快更稳地下载NCBI里的测序数据，这里我就不赘述了。方法三： wget下载. 前两种方法都能够比较快速稳定的下载SRA数据，小编通常用的也是第二种方法，但是偶尔也会遇到一些特殊的数据是很多时候需要同时下载多个SRA文件，ascp命令提供参数--file-list，用于批量下载SRA文件。

2017年8月6日（2）使用ascp下载SRA数据：ascp是Aspera Connect的命令行程序。下载与安装（不将鼠标选中上图任意一个SRR文件，例如SRR00006.sra,右键，复制链接地址：（3)检查给定序列号是否可以能够下载 prefetch -c 但是sra toolkit的软件包还是要装的，因为之后需要用其中的fastq-dump把sra转换成fastq文件。获取想要的data的SRR号发表的文章后面都是 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/ERP/ERP002/ERP002469/ERR260132/ERR260132.sra 单个文件下载，不是